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从中药功效相对于主治的滞后性，已经可以看出中药功效认识的困难性。但其困难性并不仅止于此，其难度至少还有以下三个方面。

其一，中药大多以复方入药，在复方中的各种药物，并不全都是用以针对主治病证的病因病机，也就是说，有的药物所发挥的作用与方剂的功效是不相同的。这在方剂中非常常见。众所周知，麻黄汤中的甘草，并不用以发散风寒；四物汤中的川芎，并不用以补养阴血；十枣汤中的大枣，并不用以峻下逐水。如前面提到的栀子豉汤，药仅二味，君药用以针对病因病机，发挥了清心除烦的功效，也是全方的功效。而淡豆豉与全方或君药的作用并不一致，因其不能清心热，自然也就不能除烦闷。这里的道理十分清楚，从来也没有人不认同，不过在具体处理的时候，就并不这么简单，事实上就出现了长期认识上的偏差。

其二，天然产物类中药化学成分的复杂性，导致了对功效认识的困难性。人们大多认为化学药物的成分一般都是单一的，其药理作用也是通过预先精心设计的技术路线和实验而筛选出来的，其临床应用理应比较清楚，容易认定。但事实上绝非如此简单，同样存在很大的难度。如经典的西药阿司匹林，其化学成分只是2—（乙酰氧基）苯甲酸，相继发现其具有解热、镇痛、抗炎、抗风湿等多种药效作用，而且相沿使用百年之久。近年以来，又发现其能抑制血小板聚集，可防止血栓形成，临床又广泛用于一过性脑缺血发作、心肌梗死、心房颤动、人工心脏瓣膜、动静脉瘘或其他手术后的血栓形成，也可用于治疗不稳定型心绞痛；而其治疗胆道蛔虫病、对于减少直肠癌的发病率、儿科用于皮肤黏膜淋巴结综合征（川崎病）等的作用及其机理，还有待进一步研究。对成分单一的化学药物认知尚且如此，而每味中药的化学成分数以百计，并由多味药组成复方，再加之剂型、给药途径、用量等诸多因素的影响，其巨大的难度可想而知。

其三，中医基础理论创新的缓慢，也导致了功效认识的困难性。由中药功效分类的讨论可知，中医临床以辨证论治组方给药为主，因而绝大多数功效是对证治疗功效。所有的对证治疗功效，必须概括于长期辨证治疗的实践基础上。疾病辨证理论的完善，不可一蹴而就，这也影响了一些中药功效的认识速度。如介绍于前的天麻，晚至清末以后，中医基础理论和临床实践才将外风与内风明确区分开来，而必须依赖于这样的理论和实践基础，才有可能总结出“平抑肝阳”的功效。

今天，中医的基础和临床快速发展，达到了前所未有的崭新水平，但不可否认，同样存在一些亟待解决的问题，阻碍了有些中药功效的准确表达。如人们习惯于称活血化瘀药中的动物药，长于“活血通络”，其主治的是一些顽固的、久治不愈的瘀血疼痛症等；而祛风湿药中的若干“通络”药，如白花蛇、豨莶草等，主治的则是局部麻木、偏瘫和关节拘挛、屈伸不利诸症。此二者功效用语相同，但内涵并不一样。如果没有中医基础和临床的突破，其在中药学中的功效表述是绝不可能单独解决的。